Kasvukertomus ja yhteiskunnallisia näkemyksiä
Pekkasen synnyinpaikka oli Kotka ja hyvin samankaltainen kaupunki on myös Tehtaan varjossa –romaanin miljöö. Sota-aikaisesta kurjuudesta vähitellen nouseva satamakaupunki pitää sisällään monenlaisia ihmiskohtaloita ja tuntuu kuvastavan vanhoilla, rappeutuneilla taloillaan ja uusilla rakennushankkeillaan asukkaidensa olemusta.
Pääosassa romaanissa on nuori Samuel Oino, jonka vaiheita seurataan nuoruusiästä aikuisuuteen saakka. Samuelin isä kuolee heti palattuaan vuonna 1918 sisällissodasta kotiin ja poika joutuu perheen esikoisena ottamaan vastuun äitinsä ja nuorempiensa hyvinvoinnista menellä töihin tehtaaseen. Tehdas muodostaa sosiaalisine hierarkioineen eräänlaisen yhteiskunnan miniatyyrin, jossa jokaisen on itse löydettävä keinonsa selviytyä. Samuelille avuksi on hänen ahkeruutensa ja tottelevaisuutensa ja niiden turvin hän ennen pitkää kohoaa nokkimisjärjestyksessä.
Eräänlainen vastavoimahahmo Samuelin rauhalliselle ja pohdiskelevalle hahmolle on hänen serkkunsa Pekka Valve. Teoksen alussa Valve on palavasieluisen aatteellinen nuori mies, joka pitää isättömiä serkkuparkojaan malliesimerkkinä sosialistien apua tarvitsevasta perheestä. Hän joutuu pettymään, kun Samuel Oino ei myöhemmin innostukaan jakamaan poliittista paloa hänen kanssaan. Vähitellen vankeus ja sairaus murtaa serkun kapinallisuuden ja hänkin joutuu tutkimaan uudelleen omaa kirkasotsaista idealismiaan.
Omia kohtaloitaan edustavat Samuelin ystävät Eemil ja Frans sekä hänen rakastettunsa Elsa ja Eliisa. Jokaisen on kuljettava oma tiensä yhteiskunnallisten muutosten aikana, eikä heillä ole modernissa maailmassa turvanaan mitään armollista ja ikuisesti hyvää Jumalaa, joka vapauttaisi heidät kohtaloidensa ikeestä.
Teoksen lopussa nuoresta Samuel Oinosta on kasvanut mies. Hän on hylännyt nuoruutensa illuusiot ja elää tasaisen rauhallista arkea. Ei Samuel Oinosta mitään suurta maailmanparantajaa kasva, eikä hän ole erikoisen huomattava muihin työläisiin verrattuna, mutta hän on oppinut maailman olemuksen, sen lainalaisuuksiin ja tosiasiat, ja sen ansiosta hän kykenee selviytymään ja laajentamaan näköalaansa.